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0000-0002-7041-5960 10.2210/pdb9vlz/pdb pdb_00009vlz 9VLZ 162462 3.46 FSC 0.143 CUT-OFF POINT REL 2025-06-26 PDBJ 2026-07-01 2026-07-01 CryoEM structure of GasderminE-N pore 7.8 1 NONE 1 GSDME-N pore-C28 0 RECOMBINANT COMPLEX NO 9606 Homo sapiens 469008 Escherichia coli BL21(DE3) PARTICLE 1 1 SINGLE PARTICLE 50.66 GATAN K3 (6k x 4k) 8188 300 FIELD EMISSION GUN FLOOD BEAM TFS KRIOS BRIGHT FIELD 2900 1100 1 9VLZ C28 PARTICLE SELECTION 1 cryoSPARC 4.7.0 IMAGE ACQUISITION 1 EPU MASKING CTF CORRECTION 1 LAYERLINE INDEXING DIFFRACTION INDEXING MODEL FITTING MODEL REFINEMENT OTHER INITIAL EULER ASSIGNMENT 1 FINAL EULER ASSIGNMENT 1 CLASSIFICATION 1 RECONSTRUCTION 1 cryoSPARC 4.7.0 VOLUME SELECTION 1 1 1 SERIES ALIGNMENT 1 1 1 MOLECULAR REPLACEMENT 1 1 1 LATTICE DISTORTION CORRECTION 1 1 1 SYMMETRY DETERMINATION 1 1 1 CRYSTALLOGRAPHY MERGING 1 1 1 NO NO NO YES ETHANE 9VLZ 29633.932 Gasdermin-E, N-terminal 28 man polymer GSDME-NT no no MFAKATRNFLREVDADGDLIAVSNLNDSDKLQLLSLVTKKKRFWCWQRPKYQFLSLTLGDVLIEDQFPSPVVVESDFVKY EGKFANHVSGTLETALGKVKLNLGGSSRVESQSSFGTLRKQEVDLQQLIRDSAERTINLRNPVLQQVLEGRNEVLCVLTQ KITTMQKCVISEHMQVEEKCGGIVGIQTKTVQVSATEDGNVTKDSNVVLEIPAATTIAYGVIELYVKLDGQFEFCLLRGK QGGFENKKRIDSVYLDPLVFREFA MFAKATRNFLREVDADGDLIAVSNLNDSDKLQLLSLVTKKKRFWCWQRPKYQFLSLTLGDVLIEDQFPSPVVVESDFVKY EGKFANHVSGTLETALGKVKLNLGGSSRVESQSSFGTLRKQEVDLQQLIRDSAERTINLRNPVLQQVLEGRNEVLCVLTQ KITTMQKCVISEHMQVEEKCGGIVGIQTKTVQVSATEDGNVTKDSNVVLEIPAATTIAYGVIELYVKLDGQFEFCLLRGK QGGFENKKRIDSVYLDPLVFREFA J,X,Y,A,Z,B,C,L,a,E,F,O,G,Q,S,D,b,P,M,R,T,H,N,U,V,I,W,K polypeptide(L) n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n 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VAL 253 1 Y 1 W TYR 254 AA TYR 254 1 Y 1 W LEU 255 AA LEU 255 1 Y 1 W ASP 256 AA ASP 256 1 Y 1 W PRO 257 AA PRO 257 1 Y 1 W LEU 258 AA LEU 258 1 Y 1 W VAL 259 AA VAL 259 1 Y 1 W PHE 260 AA PHE 260 1 Y 1 W ARG 261 AA ARG 261 1 Y 1 W GLU 262 AA GLU 262 1 Y 1 W PHE 263 AA PHE 263 1 Y 1 W ALA 264 AA ALA 264 1 Y 1 K LYS 248 BA LYS 248 1 Y 1 K ARG 249 BA ARG 249 1 Y 1 K ILE 250 BA ILE 250 1 Y 1 K ASP 251 BA ASP 251 1 Y 1 K SER 252 BA SER 252 1 Y 1 K VAL 253 BA VAL 253 1 Y 1 K TYR 254 BA TYR 254 1 Y 1 K LEU 255 BA LEU 255 1 Y 1 K ASP 256 BA ASP 256 1 Y 1 K PRO 257 BA PRO 257 1 Y 1 K LEU 258 BA LEU 258 1 Y 1 K VAL 259 BA VAL 259 1 Y 1 K PHE 260 BA PHE 260 1 Y 1 K ARG 261 BA ARG 261 1 Y 1 K GLU 262 BA GLU 262 1 Y 1 K PHE 263 BA PHE 263 1 Y 1 K ALA 264 BA ALA 264 1 Y 1 J PHE 77 -95.08 -62.26 1 J GLU 172 -161.19 114.86 1 J ALA 213 176.69 172.34 1 X PHE 77 -95.42 -61.87 1 X GLU 81 -160.70 110.00 1 X GLU 172 -160.09 114.43 1 X HIS 173 -100.42 77.63 1 X ALA 213 176.56 172.63 1 Y PHE 77 -94.16 -60.88 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13 X ASN 24 B ASN 24 HELX_P X LEU 31 B LEU 31 5 AA7 8 X GLY 59 B GLY 59 HELX_P X LEU 62 B LEU 62 5 AA8 4 X ASP 124 B ASP 124 HELX_P X ALA 133 B ALA 133 1 AA9 10 X ASN 141 B ASN 141 HELX_P X GLY 150 B GLY 150 1 AB1 10 Y PHE 2 C PHE 2 HELX_P Y ASP 14 C ASP 14 1 AB2 13 Y ASN 24 C ASN 24 HELX_P Y LEU 31 C LEU 31 5 AB3 8 Y GLY 59 C GLY 59 HELX_P Y LEU 62 C LEU 62 5 AB4 4 Y ASP 124 C ASP 124 HELX_P Y ALA 133 C ALA 133 1 AB5 10 Y ASN 141 C ASN 141 HELX_P Y GLY 150 C GLY 150 1 AB6 10 A PHE 2 D PHE 2 HELX_P A ASP 14 D ASP 14 1 AB7 13 A ASN 24 D ASN 24 HELX_P A LEU 31 D LEU 31 5 AB8 8 A GLY 59 D GLY 59 HELX_P A LEU 62 D LEU 62 5 AB9 4 A ASP 124 D ASP 124 HELX_P A ALA 133 D ALA 133 1 AC1 10 A ASN 141 D ASN 141 HELX_P A GLY 150 D GLY 150 1 AC2 10 Z PHE 2 E PHE 2 HELX_P Z ASP 14 E ASP 14 1 AC3 13 Z ASN 24 E ASN 24 HELX_P Z LEU 31 E LEU 31 5 AC4 8 Z GLY 59 E GLY 59 HELX_P Z LEU 62 E LEU 62 5 AC5 4 Z ASP 124 E ASP 124 HELX_P Z ALA 133 E ALA 133 1 AC6 10 Z ASN 141 E ASN 141 HELX_P Z GLY 150 E GLY 150 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