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83 N sing N 84 N sing N 85 N sing N 86 N sing N 87 N sing N 88 N sing N 89 N doub N 90 N sing N 91 N sing N 92 N sing N 93 N sing N 94 N sing N 95 N sing N 96 N sing N 97 N doub N 98 N sing N 99 N sing N 100 N sing N 101 N sing N 102 N sing N 103 N sing N 104 N sing N 105 N sing N 106 N sing N 107 N sing N 108 N doub N 109 N sing N 110 N sing N 111 N sing N 112 N sing N 113 N sing N 114 N sing N 115 N sing N 116 N doub N 117 N sing N 118 N sing N 119 N sing N 120 N sing N 121 N sing N 122 N sing N 123 N sing N 124 N sing N 125 N sing N 126 N doub N 127 N sing N 128 N sing N 129 N sing N 130 N sing N 131 N sing N 132 N sing N 133 N sing N 134 N sing N 135 N doub N 136 N sing N 137 N sing N 138 N sing N 139 N sing Y 140 N sing Y 141 N doub Y 142 N doub N 143 N sing Y 144 N sing N 145 N sing Y 146 N sing N 147 N sing N 148 N sing N 149 N sing N 150 N sing N 151 N sing N 152 N sing N 153 N sing N 154 N sing N 155 N sing N 156 N doub N 157 N sing N 158 N sing N 159 N sing N 160 N sing N 161 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0.143 CUT-OFF POINT REL 2025-04-23 RCSB 2026-05-06 2026-05-06 glutamate/glycine and Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR 7.5 1 PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION 1, 2 Di-heteromeric GluN1a-2B NMDA receptor 0 NATURAL CELL 10116 Rattus norvegicus CELL 1 1 SINGLE PARTICLE 58.4 GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 300 FIELD EMISSION GUN FLOOD BEAM TFS KRIOS BRIGHT FIELD 2200 600 1 9OBX C1 PARTICLE SELECTION 1 cryoSPARC MODEL REFINEMENT PHENIX 1.20.1_4487 IMAGE ACQUISITION 1 MASKING CTF CORRECTION 1 LAYERLINE INDEXING DIFFRACTION INDEXING MODEL FITTING OTHER INITIAL EULER ASSIGNMENT 1 FINAL EULER ASSIGNMENT 1 CLASSIFICATION 1 RECONSTRUCTION 1 cryoSPARC NO NO NO YES ETHANE 9OBX 95225.883 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 2 man polymer 96498.977 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B 2 man polymer 75.067 GLYCINE 2 syn non-polymer 147.129 GLUTAMIC ACID 2 syn non-polymer GluN1,Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta-1,N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1,NMD-R1 GluN2B,Glutamate [NMDA] receptor 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n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n Norway rat sample 1 847 Grin1, Nmdar1 10116 Rattus norvegicus 7108 Spodoptera frugiperda Biological sequence Norway rat sample 1 862 Grin2b 10116 Rattus norvegicus 7108 Spodoptera frugiperda Biological sequence repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release 1 0 2026-05-06 1 0 2026-05-06 1 0 2026-05-06 1 0 1 2026-05-06 1 0 2 2026-05-06 1 0 2026-05-06 1 0 2026-05-06 United States National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH) MH085926 United States National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS) NS111745 furukawa@cshl.edu 0000-0001-8296-8426 Hiro Furukawa principal investigator/group leader glutamate/glycine and Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR N RCSB Y RCSB 2025-04-23 REL GLY GLYCINE GLU GLUTAMIC ACID N Y A CYS 420 Disulfide bridge SG A CYS 420 A CYS 454 SG A CYS 454 1_555 1_555 None A CYS 436 Disulfide bridge SG A CYS 436 A CYS 455 SG A CYS 455 1_555 1_555 None A CYS 744 Disulfide bridge SG A CYS 744 A CYS 798 SG A CYS 798 1_555 1_555 None B CYS 429 Disulfide bridge SG B CYS 439 B CYS 456 SG B CYS 466 1_555 1_555 None B CYS 436 Disulfide bridge SG B CYS 446 B CYS 457 SG B CYS 467 1_555 1_555 None B CYS 746 Disulfide bridge SG B CYS 756 B CYS 801 SG B CYS 811 1_555 1_555 None C CYS 420 Disulfide bridge SG C CYS 420 C CYS 454 SG C CYS 454 1_555 1_555 None C CYS 436 Disulfide bridge SG C CYS 436 C CYS 455 SG C CYS 455 1_555 1_555 None C CYS 744 Disulfide bridge SG C CYS 744 C CYS 798 SG C CYS 798 1_555 1_555 None D CYS 429 Disulfide bridge SG D CYS 439 D CYS 456 SG D CYS 466 1_555 1_555 None D CYS 436 Disulfide bridge SG D CYS 446 D CYS 457 SG D CYS 467 1_555 1_555 None D CYS 746 Disulfide bridge SG D CYS 756 D 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THR 105 A PRO 106 n 106 PRO 106 A VAL 107 n 107 VAL 107 A SER 108 n 108 SER 108 A TYR 109 n 109 TYR 109 A THR 110 n 110 THR 110 A ALA 111 n 111 ALA 111 A GLY 112 n 112 GLY 112 A PHE 113 n 113 PHE 113 A TYR 114 n 114 TYR 114 A ARG 115 n 115 ARG 115 A ILE 116 n 116 ILE 116 A PRO 117 n 117 PRO 117 A VAL 118 n 118 VAL 118 A LEU 119 n 119 LEU 119 A GLY 120 n 120 GLY 120 A LEU 121 n 121 LEU 121 A THR 122 n 122 THR 122 A THR 123 n 123 THR 123 A ARG 124 n 124 ARG 124 A MET 125 n 125 MET 125 A SER 126 n 126 SER 126 A ILE 127 n 127 ILE 127 A TYR 128 n 128 TYR 128 A SER 129 n 129 SER 129 A ASP 130 n 130 ASP 130 A LYS 131 n 131 LYS 131 A SER 132 n 132 SER 132 A ILE 133 n 133 ILE 133 A HIS 134 n 134 HIS 134 A LEU 135 n 135 LEU 135 A SER 136 n 136 SER 136 A PHE 137 n 137 PHE 137 A LEU 138 n 138 LEU 138 A ARG 139 n 139 ARG 139 A THR 140 n 140 THR 140 A VAL 141 n 141 VAL 141 A PRO 142 n 142 PRO 142 A PRO 143 n 143 PRO 143 A TYR 144 n 144 TYR 144 A SER 145 n 145 SER 145 A HIS 146 n 146 HIS 146 A GLN 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