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n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n human sample 1 277 STUB1, CHIP, PP1131 9606 Homo sapiens 469008 Escherichia coli BL21(DE3) Biological sequence human sample 1 216 9606 Homo sapiens 469008 Escherichia coli BL21(DE3) Biological sequence human sample 1 224 9606 Homo sapiens 469008 Escherichia coli BL21(DE3) Biological sequence repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release 1 0 2026-05-13 1 0 2026-05-13 1 0 1 2026-05-13 1 0 2 2026-05-13 1 0 2026-05-13 1 0 2026-05-13 United States National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA) R01 AG068125 daniel.southworth@ucsf.edu 0000-0001-7108-9389 Daniel Southworth principal investigator/group leader CHIP E3 ligase dimer in Symmetric state bound to 2 Fab H1 N RCSB Y RCSB 2025-04-15 REL N GLN 27 n 1 GLN 27 B GLU 28 n 2 GLU 28 B LEU 29 n 3 LEU 29 B LYS 30 n 4 LYS 30 B GLU 31 n 5 GLU 31 B GLN 32 n 6 GLN 32 B GLY 33 n 7 GLY 33 B ASN 34 n 8 ASN 34 B ARG 35 n 9 ARG 35 B LEU 36 n 10 LEU 36 B PHE 37 n 11 PHE 37 B VAL 38 n 12 VAL 38 B GLY 39 n 13 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NZ LYS 221 F NZ LYS 216 1 Y 1 E CB VAL 222 F CB VAL 217 1 Y 1 E CG1 VAL 222 F CG1 VAL 217 1 Y 1 E CG2 VAL 222 F CG2 VAL 217 1 Y 1 E CB ASP 223 F CB ASP 218 1 Y 1 E CG ASP 223 F CG ASP 218 1 Y 1 E OD1 ASP 223 F OD1 ASP 218 1 Y 1 E OD2 ASP 223 F OD2 ASP 218 1 Y 1 E CB LYS 224 F CB LYS 219 1 Y 1 E CG LYS 224 F CG LYS 219 1 Y 1 E CD LYS 224 F CD LYS 219 1 Y 1 E CE LYS 224 F CE LYS 219 1 Y 1 E NZ LYS 224 F NZ LYS 219 1 Y 1 E CB LYS 225 F CB LYS 220 1 Y 1 E CG LYS 225 F CG LYS 220 1 Y 1 E CD LYS 225 F CD LYS 220 1 Y 1 E CE LYS 225 F CE LYS 220 1 Y 1 E NZ LYS 225 F NZ LYS 220 1 Y 1 E CB VAL 226 F CB VAL 221 1 Y 1 E CG1 VAL 226 F CG1 VAL 221 1 Y 1 E CG2 VAL 226 F CG2 VAL 221 1 Y 1 E CB GLU 227 F CB GLU 222 1 Y 1 E CG GLU 227 F CG GLU 222 1 Y 1 E CD GLU 227 F CD GLU 222 1 Y 1 E OE1 GLU 227 F OE1 GLU 222 1 Y 1 E OE2 GLU 227 F OE2 GLU 222 1 Y 1 E CB PRO 228 F CB PRO 223 1 Y 1 E CG PRO 228 F CG PRO 223 1 Y 1 E CD PRO 228 F CD PRO 223 1 Y 1 E CB LYS 229 F CB LYS 224 1 Y 1 E CG LYS 229 F CG LYS 224 1 Y 1 E CD LYS 229 F CD LYS 224 1 Y 1 E CE LYS 229 F CE LYS 224 1 Y 1 E NZ LYS 229 F NZ LYS 224 1 Y 1 B GLN 75 -100.54 68.45 1 B SER 236 -146.73 20.90 1 B HIS 266 -69.83 63.51 1 A GLN 75 -105.88 67.12 1 D THR 40 -148.73 -157.50 1 D ASN 43 66.03 -48.51 1 D ASN 67 68.36 -50.77 1 D ASN 68 -146.81 12.63 1 D SER 109 -129.05 -58.87 1 D THR 112 38.19 61.71 1 D ALA 113 -62.88 78.98 1 D ASP 171 52.03 -118.85 1 D GLU 218 51.81 -120.90 1 C GLN 10 63.27 160.45 1 C ASN 110 70.38 99.31 1 C ASP 159 60.81 62.18 1 F THR 40 -152.87 -157.77 1 F ASN 43 65.92 -60.46 1 F ASN 67 65.88 -51.90 1 F ASN 68 -143.21 13.59 1 F SER 109 -128.15 -83.83 1 F THR 112 38.88 61.17 1 F ALA 113 -65.92 76.47 1 F ASP 171 50.83 -120.36 1 F GLU 218 51.90 -121.11 1 E GLN 10 60.89 157.95 1 E ASN 110 65.30 101.58 N CHIP E3 ligase dimer in Symmetric state bound to 2 Fab H1 1 N N 1 N N 2 N N 3 N N 2 N N 3 N N B GLN 27 A GLN 1 HELX_P B GLY 39 A GLY 13 1 AA1 13 B LYS 41 A LYS 15 HELX_P B ASN 56 A ASN 30 1 AA2 16 B VAL 59 A VAL 33 HELX_P B MET 73 A MET 47 1 AA3 15 B GLN 75 A GLN 49 HELX_P B ASP 90 A ASP 64 1 AA4 16 B SER 93 A SER 67 HELX_P B MET 107 A MET 81 1 AA5 15 B SER 109 A SER 83 HELX_P B GLN 127 A GLN 101 1 AA6 19 B ASP 133 A ASP 107 HELX_P B HIS 184 A HIS 158 1 AA7 52 B ASP 189 A ASP 163 HELX_P B LYS 224 A LYS 198 1 AA8 36 B PRO 228 A PRO 202 HELX_P B CYS 232 A CYS 206 5 AA9 5 B ARG 254 A ARG 228 HELX_P B VAL 264 A VAL 238 1 AB1 11 B THR 276 A THR 250 HELX_P B LEU 280 A LEU 254 5 AB2 5 B ASN 283 A ASN 257 HELX_P B ASN 297 A ASN 271 1 AB3 15 B GLY 298 A GLY 272 HELX_P B TYR 303 A TYR 277 5 AB4 6 A GLU 28 B GLU 2 HELX_P A GLY 39 B GLY 13 1 AB5 12 A LYS 41 B LYS 15 HELX_P A ASN 56 B ASN 30 1 AB6 16 A VAL 59 B VAL 33 HELX_P A MET 73 B MET 47 1 AB7 15 A GLN 75 B GLN 49 HELX_P A ASP 90 B ASP 64 1 AB8 16 A SER 93 B SER 67 HELX_P A MET 107 B MET 81 1 AB9 15 A SER 109 B SER 83 HELX_P A GLN 127 B GLN 101 1 AC1 19 A ASP 133 B ASP 107 HELX_P A HIS 184 B HIS 158 1 AC2 52 A ASP 189 B ASP 163 HELX_P A LYS 224 B LYS 198 1 AC3 36 A PRO 228 B PRO 202 HELX_P A CYS 232 B CYS 206 5 AC4 5 A ARG 254 B ARG 228 HELX_P A VAL 264 B VAL 238 1 AC5 11 A THR 276 B THR 250 HELX_P A LEU 280 B LEU 254 5 AC6 5 A ASN 283 B ASN 257 HELX_P A ASN 297 B ASN 271 1 AC7 15 A GLY 298 B GLY 272 HELX_P A TYR 303 B TYR 277 5 AC8 6 D GLN 95 C GLN 79 HELX_P D GLU 99 C GLU 83 5 AC9 5 D SER 141 C SER 125 HELX_P D GLN 146 C GLN 130 1 AD1 6 D THR 201 C THR 185 HELX_P D HIS 208 C HIS 192 1 AD2 8 C THR 32 D THR 27 HELX_P C THR 34 D THR 29 5 AD3 3 C GLN 66 D GLN 61 HELX_P C GLN 69 D GLN 64 5 AD4 4 C ARG 91 D ARG 86 HELX_P C THR 95 D THR 90 5 AD5 5 C SER 142 D SER 137 HELX_P C THR 146 D THR 141 5 AD6 5 C SER 171 D SER 166 HELX_P C ALA 173 D ALA 168 5 AD7 3 C SER 202 D SER 197 HELX_P C GLN 207 D GLN 202 5 AD8 6 C LYS 216 D LYS 211 HELX_P C ASN 219 D ASN 214 5 AD9 4 F GLN 95 E GLN 79 HELX_P F GLU 99 E GLU 83 5 AE1 5 F SER 141 E SER 125 HELX_P F GLN 146 E GLN 130 1 AE2 6 F THR 201 E THR 185 HELX_P F HIS 208 E HIS 192 1 AE3 8 E THR 32 F THR 27 HELX_P E THR 34 F THR 29 5 AE4 3 E GLN 66 F GLN 61 HELX_P E GLN 69 F GLN 64 5 AE5 4 E ARG 91 F ARG 86 HELX_P E THR 95 F THR 90 5 AE6 5 E SER 142 F SER 137 HELX_P E LYS 144 F LYS 139 5 AE7 3 E SER 171 F SER 166 HELX_P E ALA 173 F ALA 168 5 AE8 3 E SER 203 F SER 198 HELX_P E GLN 207 F GLN 202 5 AE9 5 E LYS 216 F LYS 211 HELX_P E ASN 219 F ASN 214 5 AF1 4 LIGASE/IMMUNE SYSTEM U-box E3 ligase, Fab, Cryo-EM, Protein degradation, LIGASE-IMMUNE SYSTEM complex D TYR 160 C TYR 144 1 D PRO 161 C PRO 145 2.70 C PHE 161 D PHE 156 1 C PRO 162 D PRO 157 -14.14 C GLU 163 D GLU 158 1 C PRO 164 D PRO 159 -19.34 F TYR 160 E TYR 144 1 F PRO 161 E PRO 145 -0.31 E PHE 161 F PHE 156 1 E PRO 162 F PRO 157 -13.27 E GLU 163 F GLU 158 1 E PRO 164 F PRO 159 -9.76 CHIP_HUMAN UNP 1 27 Q9UNE7 QELKEQGNRLFVGRKYPEAAACYGRAITRNPLVAVYYTNRALCYLKMQQHEQALADCRRALELDGQSVKAHFFLGQCQLE MESYDEAIANLQRAYSLAKEQRLNFGDDIPSALRIAKKKRWNSIEERRIHQESELHSYLSRLIAAERERELEECQRNHEG DEDDSHVRAQQACIEAKHDKYMADMDELFSQVDEKRKKRDIPDYLCGKISFELMREPCITPSGITYDRKDIEEHLQRVGH FDPVTRSPLTQEQLIPNLAMKEVIDAFISENGWVEDY 9O7F PDB 2 1 9O7F 9O7F PDB 3 1 9O7F 27 303 9O7F 27 303 Q9UNE7 B 1 1 277 27 303 9O7F 27 303 Q9UNE7 A 1 1 277 17 232 9O7F 17 232 9O7F D 2 1 216 6 229 9O7F 6 229 9O7F C 3 1 224 17 232 9O7F 17 232 9O7F F 2 1 216 6 229 9O7F 6 229 9O7F E 3 1 224 3 3 5 4 3 4 4 4 4 6 4 4 4 3 5 4 3 4 4 4 4 6 4 4 4 3 anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel B THR 251 A THR 225 B ASP 253 A ASP 227 B PRO 243 A PRO 217 B ILE 245 A ILE 219 B ILE 281 A ILE 255 B PRO 282 A PRO 256 A THR 251 B THR 225 A ASP 253 B ASP 227 A PRO 243 B PRO 217 A ILE 245 B ILE 219 A ILE 281 B ILE 255 A PRO 282 B PRO 256 D SER 24 C SER 8 D ALA 27 C ALA 11 D THR 121 C THR 105 D VAL 125 C VAL 109 D ASP 101 C ASP 85 D TRP 107 C TRP 91 D THR 50 C THR 34 D GLN 54 C GLN 38 D LYS 61 C LYS 45 D ILE 64 C ILE 48 D SER 24 C SER 8 D ALA 27 C ALA 11 D THR 121 C THR 105 D VAL 125 C VAL 109 D ASP 101 C ASP 85 D TRP 107 C TRP 91 D ARG 115 C ARG 99 D PHE 117 C PHE 101 D VAL 33 C VAL 17 D SER 38 C SER 22 D SER 86 C SER 70 D ILE 91 C ILE 75 D PHE 78 C PHE 62 D SER 79 C SER 63 D SER 134 C SER 118 D PHE 138 C PHE 122 D ALA 150 C ALA 134 D PHE 159 C PHE 143 D TYR 192 C TYR 176 D LEU 200 C LEU 184 D VAL 179 C VAL 163 D THR 181 C THR 165 D SER 134 C SER 118 D PHE 138 C PHE 122 D ALA 150 C ALA 134 D PHE 159 C PHE 143 D TYR 192 C TYR 176 D LEU 200 C LEU 184 D SER 185 C SER 169 D LYS 186 C LYS 170 D SER 173 C SER 157 D VAL 175 C VAL 159 D THR 165 C THR 149 D ALA 170 C ALA 154 D TYR 211 C TYR 195 D HIS 217 C HIS 201 D SER 220 C SER 204 D VAL 226 C VAL 210 C GLN 7 D GLN 2 C LEU 8 D LEU 3 C VAL 22 D VAL 17 C SER 29 D SER 24 C THR 82 D THR 77 C LEU 87 D LEU 82 C VAL 72 D VAL 67 C ASP 77 D ASP 72 C GLU 14 D GLU 9 C LYS 16 D LYS 11 C THR 122 D THR 117 C VAL 126 D VAL 121 C ALA 96 D ALA 91 C TYR 105 D TYR 100 C TYR 36 D TYR 31 C GLN 43 D GLN 38 C GLU 50 D GLU 45 C SER 56 D SER 51 C THR 62 D THR 57 C TYR 64 D TYR 59 C GLU 14 D GLU 9 C LYS 16 D LYS 11 C THR 122 D THR 117 C VAL 126 D VAL 121 C ALA 96 D ALA 91 C TYR 105 D TYR 100 C PHE 115 D PHE 110 C TRP 118 D TRP 113 C SER 135 D SER 130 C LEU 139 D LEU 134 C THR 150 D THR 145 C TYR 160 D TYR 155 C TYR 191 D TYR 186 C PRO 200 D PRO 195 C VAL 178 D VAL 173 C THR 180 D THR 175 C SER 135 D SER 130 C LEU 139 D LEU 134 C THR 150 D THR 145 C TYR 160 D TYR 155 C TYR 191 D TYR 186 C PRO 200 D PRO 195 C VAL 184 D VAL 179 C LEU 185 D LEU 180 C THR 166 D THR 161 C TRP 169 D TRP 164 C TYR 209 D TYR 204 C HIS 215 D HIS 210 C THR 220 D THR 215 C VAL 226 D VAL 221 F SER 24 E SER 8 F ALA 27 E ALA 11 F THR 121 E THR 105 F VAL 125 E VAL 109 F ASP 101 E ASP 85 F TRP 107 E TRP 91 F THR 50 E THR 34 F GLN 54 E GLN 38 F PRO 60 E PRO 44 F ILE 64 E ILE 48 F SER 24 E SER 8 F ALA 27 E ALA 11 F THR 121 E THR 105 F VAL 125 E VAL 109 F ASP 101 E ASP 85 F TRP 107 E TRP 91 F ARG 115 E ARG 99 F PHE 117 E PHE 101 F VAL 33 E VAL 17 F SER 38 E SER 22 F SER 86 E SER 70 F ILE 91 E ILE 75 F PHE 78 E PHE 62 F SER 79 E SER 63 F SER 134 E SER 118 F PHE 138 E PHE 122 F ALA 150 E ALA 134 F PHE 159 E PHE 143 F TYR 192 E TYR 176 F LEU 200 E LEU 184 F VAL 179 E VAL 163 F THR 181 E THR 165 F SER 134 E SER 118 F PHE 138 E PHE 122 F ALA 150 E ALA 134 F PHE 159 E PHE 143 F TYR 192 E TYR 176 F LEU 200 E LEU 184 F SER 185 E SER 169 F LYS 186 E LYS 170 F SER 173 E SER 157 F VAL 175 E VAL 159 F THR 165 E THR 149 F ALA 170 E ALA 154 F TYR 211 E TYR 195 F HIS 217 E HIS 201 F SER 220 E SER 204 F VAL 226 E VAL 210 E GLN 7 F GLN 2 E LEU 8 F LEU 3 E VAL 22 F VAL 17 E SER 29 F SER 24 E THR 82 F THR 77 E LEU 87 F LEU 82 E VAL 72 F VAL 67 E ASP 77 F ASP 72 E GLU 14 F GLU 9 E LYS 16 F LYS 11 E THR 122 F THR 117 E VAL 126 F VAL 121 E ALA 96 F ALA 91 E TYR 105 F TYR 100 E TYR 36 F TYR 31 E GLN 43 F GLN 38 E GLU 50 F GLU 45 E SER 56 F SER 51 E THR 62 F THR 57 E TYR 64 F TYR 59 E GLU 14 F GLU 9 E LYS 16 F LYS 11 E THR 122 F THR 117 E VAL 126 F VAL 121 E ALA 96 F ALA 91 E TYR 105 F TYR 100 E ILE 117 F ILE 112 E TRP 118 F TRP 113 E SER 135 F SER 130 E LEU 139 F LEU 134 E THR 150 F THR 145 E TYR 160 F TYR 155 E TYR 191 F TYR 186 E PRO 200 F PRO 195 E VAL 178 F VAL 173 E THR 180 F THR 175 E THR 146 F THR 141 E SER 147 F SER 142 E THR 150 F THR 145 E TYR 160 F TYR 155 E TYR 191 F TYR 186 E PRO 200 F PRO 195 E VAL 184 F VAL 179 E LEU 185 F LEU 180 E THR 166 F THR 161 E TRP 169 F TRP 164 E TYR 209 F TYR 204 E HIS 215 F HIS 210 E THR 220 F THR 215 E VAL 226 F VAL 221