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Lee, S.-Y. http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic 90.00 90.00 90.00 1.00 1.00 1.00 C33 H39 N O9 593.664 Afidopyropen non-polymer C3 H7 N O2 89.093 y ALANINE L-peptide linking C6 H15 N4 O2 1 175.209 y ARGININE L-peptide linking C4 H8 N2 O3 132.118 y ASPARAGINE L-peptide linking C4 H7 N O4 133.103 y ASPARTIC ACID L-peptide linking C3 H7 N O2 S 121.158 y CYSTEINE L-peptide linking C5 H10 N2 O3 146.144 y GLUTAMINE L-peptide linking C5 H9 N O4 147.129 y GLUTAMIC ACID L-peptide linking C2 H5 N O2 75.067 y GLYCINE peptide linking C6 H10 N3 O2 1 156.162 y HISTIDINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y ISOLEUCINE L-peptide linking C6 H13 N O2 131.173 y LEUCINE L-peptide linking C6 H15 N2 O2 1 147.195 y LYSINE L-peptide linking C5 H11 N O2 S 149.211 y METHIONINE L-peptide linking C9 H11 N O2 165.189 y PHENYLALANINE L-peptide linking C5 H9 N O2 115.130 y PROLINE L-peptide linking C3 H7 N O3 105.093 y SERINE L-peptide linking C4 H9 N O3 119.119 y THREONINE L-peptide linking C11 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CUT-OFF POINT REL 2025-03-21 RCSB 2026-02-11 2026-02-11 Structure of a pentameric Nanchung in complex with Afidopyropen 8.0 20 mM Tris Tris 150 mM NaCl NaCl 0.02 % GDN GDN 1 uM AP Afidopyropen 1 PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION 1 Nanchung 0 RECOMBINANT COMPLEX NO MEGADALTONS 0.7 9606 Homo sapiens 9606 Homo sapiens PARTICLE 1 1 SINGLE PARTICLE 2.4 60 GATAN K3 (6k x 4k) 1 6114 4092 5760 9NVS 300 COMA FREE 100 NITROGEN FIELD EMISSION GUN FLOOD BEAM TFS KRIOS BRIGHT FIELD 2.7 2200 1000 81000 70 FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 1 GIF Bioquantum 20 729894 GOLD 300 UltrAuFoil R1.2/1.3 9NVS C5 PARTICLE SELECTION 1 Topaz 0.24 IMAGE ACQUISITION 1 Latitude 3.5 MASKING CTF CORRECTION 1 cryoSPARC 4.0 LAYERLINE INDEXING DIFFRACTION INDEXING MODEL FITTING 1 Coot 0.96 OTHER INITIAL EULER ASSIGNMENT 1 cryoSPARC 4.0 FINAL EULER ASSIGNMENT 1 cryoSPARC 4.0 CLASSIFICATION 1 RECONSTRUCTION 1 cryoSPARC 4.0 MODEL REFINEMENT 1 PHENIX 1.21 VOLUME SELECTION 1 1 1 SERIES ALIGNMENT 1 1 1 MOLECULAR REPLACEMENT 1 1 1 LATTICE DISTORTION CORRECTION 1 1 1 SYMMETRY DETERMINATION 1 1 1 CRYSTALLOGRAPHY MERGING 1 1 1 2.9 Monodisperse sample NO NO NO YES 280 ETHANE 9NVS 100 FEI VITROBOT MARK IV 104941.031 Nanchung 5 man polymer 593.664 Afidopyropen 5 syn non-polymer no no MGNTESNVTSGVKKQADTSSIKIYKLVDLKGGGLLVELMKRAAQTKQYAELDHAIKTKVEPFLYNKGQGKMMPVSQLVLM RNKERPRHKMLPPLRNLENPDDYDIESYVVPEPTEEDLKDPNKYREVCWDLKERGAVGETILHLCLLNATSLHADLAKRL LRFYPKLINDVYMSDEYYGESVLHIAIVNEDPAMVKFLLDSGVNVNERCFGNFMCPEDQKASRTDSFDHEWVNLQSFTTY EGYVYWGEYPLSFAACLGQEECYRLMLARGANPDNQDTNGNTVLHMLVIYSKIQTFDMAYEVGGDLSIRNVQYLTPLTLA AKLARIELFFHILNIEREIYWQIGSITCAAYPLSQIDTIDIVTGNISKNSALNLVVFGEKDEHLELMDGVLIDLLNAKWN AFVKFRFYRQFFLFLFYFLISLICFTLRPGPPPVKPISSINSTKPNGNNITADLSPENLTTLPKWIYKTEIKKYDPEDNT SQNSRLNVILREVILTSLKVEDIDKVVSFSNAETPDNSREDAEGLVCNGNSIHSCIGNGSDVISVFGKGKSPKVPKPGAS ADDFDYDDTWWEEFGQCRLLQVTSYIEMTRLISEVMLDIGALLYILAALREARFLGWSMFVENLMTAPSRVMFLFSCCLM LTMPFLRFTCNEEIEDMMAVIIMLTTAPYFLFFCRGFKTVGPFVVMIYRMIMGDLLRFATIYLVFVMGFAQAYYIIFLSF 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DNPLTPEGVDDSVSNPIPNPMEAVMAMFFMSMTSFGDYYPALERTAHEFCAKLCFVIYMAIVAILLVNMLIAMMGNTYQK IAETRNEWQRQWARIVLVVERGVSPSERLTKLMWYSQPMSDGRRALVLRLNQSEEDKEEMKEILEMKRIHNRMVQKRKER EMSTTKSPNLINLNSPIENTKNKNPFSANSLEVLFQ A,B,C,D,E polypeptide(L) n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n sample 1 916 286706 Halyomorpha halys 9606 Homo sapiens Biological sequence repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release 1 0 2026-02-11 1 0 2026-02-11 1 0 1 2026-02-11 1 0 2 2026-02-11 1 0 2026-02-11 1 0 2026-02-11 United States National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS) R35NS132231 seok-yong.lee@duke.edu 0000-0002-0662-9921 Seok-Yong Lee principal investigator/group leader Structure of a pentameric Nanchung in complex with Afidopyropen N RCSB N RCSB 2025-03-21 REL A1B32 A1B32 SUBJECT OF INVESTIGATION A1B32 Afidopyropen Y N 5wo7 PDB experimental model AP 938 2 A1B32 A1B32 1001 A AP 938 2 A1B32 A1B32 1001 B AP 938 2 A1B32 A1B32 1001 C AP 938 2 A1B32 A1B32 1001 D AP 938 2 A1B32 A1B32 1001 E n 1 1 A n 2 2 A n 3 3 A n 4 4 A n 5 5 A n 6 6 A n 7 7 A n 8 8 A n 9 9 A n 10 10 A n 11 11 A n 12 12 A n 13 13 A n 14 14 A n 15 15 A n 16 16 A ASP 17 n 17 ASP 17 A THR 18 n 18 THR 18 A SER 19 n 19 SER 19 A SER 20 n 20 SER 20 A ILE 21 n 21 ILE 21 A LYS 22 n 22 LYS 22 A ILE 23 n 23 ILE 23 A TYR 24 n 24 TYR 24 A LYS 25 n 25 LYS 25 A LEU 26 n 26 LEU 26 A VAL 27 n 27 VAL 27 A ASP 28 n 28 ASP 28 A LEU 29 n 29 LEU 29 A LYS 30 n 30 LYS 30 A GLY 31 n 31 GLY 31 A GLY 32 n 32 GLY 32 A GLY 33 n 33 GLY 33 A LEU 34 n 34 LEU 34 A LEU 35 n 35 LEU 35 A VAL 36 n 36 VAL 36 A GLU 37 n 37 GLU 37 A LEU 38 n 38 LEU 38 A MET 39 n 39 MET 39 A LYS 40 n 40 LYS 40 A ARG 41 n 41 ARG 41 A ALA 42 n 42 ALA 42 A ALA 43 n 43 ALA 43 A GLN 44 n 44 GLN 44 A THR 45 n 45 THR 45 A LYS 46 n 46 LYS 46 A GLN 47 n 47 GLN 47 A TYR 48 n 48 TYR 48 A ALA 49 n 49 ALA 49 A GLU 50 n 50 GLU 50 A LEU 51 n 51 LEU 51 A ASP 52 n 52 ASP 52 A HIS 53 n 53 HIS 53 A ALA 54 n 54 ALA 54 A ILE 55 n 55 ILE 55 A LYS 56 n 56 LYS 56 A THR 57 n 57 THR 57 A LYS 58 n 58 LYS 58 A VAL 59 n 59 VAL 59 A GLU 60 n 60 GLU 60 A PRO 61 n 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A TYR 108 n 108 TYR 108 A VAL 109 n 109 VAL 109 A VAL 110 n 110 VAL 110 A PRO 111 n 111 PRO 111 A GLU 112 n 112 GLU 112 A PRO 113 n 113 PRO 113 A THR 114 n 114 THR 114 A GLU 115 n 115 GLU 115 A GLU 116 n 116 GLU 116 A ASP 117 n 117 ASP 117 A LEU 118 n 118 LEU 118 A LYS 119 n 119 LYS 119 A ASP 120 n 120 ASP 120 A PRO 121 n 121 PRO 121 A ASN 122 n 122 ASN 122 A LYS 123 n 123 LYS 123 A TYR 124 n 124 TYR 124 A ARG 125 n 125 ARG 125 A GLU 126 n 126 GLU 126 A VAL 127 n 127 VAL 127 A CYS 128 n 128 CYS 128 A TRP 129 n 129 TRP 129 A ASP 130 n 130 ASP 130 A LEU 131 n 131 LEU 131 A LYS 132 n 132 LYS 132 A GLU 133 n 133 GLU 133 A ARG 134 n 134 ARG 134 A GLY 135 n 135 GLY 135 A ALA 136 n 136 ALA 136 A VAL 137 n 137 VAL 137 A GLY 138 n 138 GLY 138 A GLU 139 n 139 GLU 139 A THR 140 n 140 THR 140 A ILE 141 n 141 ILE 141 A LEU 142 n 142 LEU 142 A HIS 143 n 143 HIS 143 A LEU 144 n 144 LEU 144 A CYS 145 n 145 CYS 145 A LEU 146 n 146 LEU 146 A LEU 147 n 147 LEU 147 A ASN 148 n 148 ASN 148 A ALA 149 n 149 ALA 149 A THR 150 n 150 THR 150 A SER 151 n 151 SER 151 A LEU 152 n 152 LEU 152 A HIS 153 n 153 HIS 153 A ALA 154 n 154 ALA 154 A ASP 155 n 155 ASP 155 A LEU 156 n 156 LEU 156 A ALA 157 n 157 ALA 157 A LYS 158 n 158 LYS 158 A ARG 159 n 159 ARG 159 A LEU 160 n 160 LEU 160 A LEU 161 n 161 LEU 161 A ARG 162 n 162 ARG 162 A PHE 163 n 163 PHE 163 A TYR 164 n 164 TYR 164 A PRO 165 n 165 PRO 165 A LYS 166 n 166 LYS 166 A LEU 167 n 167 LEU 167 A ILE 168 n 168 ILE 168 A ASN 169 n 169 ASN 169 A ASP 170 n 170 ASP 170 A VAL 171 n 171 VAL 171 A TYR 172 n 172 TYR 172 A MET 173 n 173 MET 173 A SER 174 n 174 SER 174 A ASP 175 n 175 ASP 175 A GLU 176 n 176 GLU 176 A TYR 177 n 177 TYR 177 A TYR 178 n 178 TYR 178 A GLY 179 n 179 GLY 179 A GLU 180 n 180 GLU 180 A SER 181 n 181 SER 181 A VAL 182 n 182 VAL 182 A LEU 183 n 183 LEU 183 A HIS 184 n 184 HIS 184 A ILE 185 n 185 ILE 185 A ALA 186 n 186 ALA 186 A ILE 187 n 187 ILE 187 A VAL 188 n 188 VAL 188 A ASN 189 n 189 ASN 189 A GLU 190 n 190 GLU 190 A ASP 191 n 191 ASP 191 A PRO 192 n 192 PRO 192 A ALA 193 n 193 ALA 193 A MET 194 n 194 MET 194 A VAL 195 n 195 VAL 195 A LYS 196 n 196 LYS 196 A PHE 197 n 197 PHE 197 A LEU 198 n 198 LEU 198 A LEU 199 n 199 LEU 199 A ASP 200 n 200 ASP 200 A SER 201 n 201 SER 201 A GLY 202 n 202 GLY 202 A VAL 203 n 203 VAL 203 A ASN 204 n 204 ASN 204 A VAL 205 n 205 VAL 205 A ASN 206 n 206 ASN 206 A GLU 207 n 207 GLU 207 A ARG 208 n 208 ARG 208 A CYS 209 n 209 CYS 209 A PHE 210 n 210 PHE 210 A GLY 211 n 211 GLY 211 A ASN 212 n 212 ASN 212 A PHE 213 n 213 PHE 213 A MET 214 n 214 MET 214 A CYS 215 n 215 CYS 215 A PRO 216 n 216 PRO 216 A GLU 217 n 217 GLU 217 A ASP 218 n 218 ASP 218 A GLN 219 n 219 GLN 219 A LYS 220 n 220 LYS 220 A ALA 221 n 221 ALA 221 A SER 222 n 222 SER 222 A ARG 223 n 223 ARG 223 A THR 224 n 224 THR 224 A ASP 225 n 225 ASP 225 A SER 226 n 226 SER 226 A PHE 227 n 227 PHE 227 A ASP 228 n 228 ASP 228 A HIS 229 n 229 HIS 229 A GLU 230 n 230 GLU 230 A TRP 231 n 231 TRP 231 A VAL 232 n 232 VAL 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anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel anti-parallel A GLU 338 A GLU 338 A ILE 343 A ILE 343 A ILE 346 A ILE 346 A PRO 352 A PRO 352 A ARG 844 A ARG 844 A ASN 851 A ASN 851 A GLN 837 A GLN 837 A PRO 838 A PRO 838 B GLU 338 B GLU 338 B ILE 343 B ILE 343 B ILE 346 B ILE 346 B PRO 352 B PRO 352 B ARG 844 B ARG 844 B ASN 851 B ASN 851 B GLN 837 B GLN 837 B PRO 838 B PRO 838 C GLU 338 C GLU 338 C ILE 343 C ILE 343 C ILE 346 C ILE 346 C PRO 352 C PRO 352 C ARG 844 C ARG 844 C ASN 851 C ASN 851 C GLN 837 C GLN 837 C PRO 838 C PRO 838 D GLU 338 D GLU 338 D ILE 343 D ILE 343 D ILE 346 D ILE 346 D PRO 352 D PRO 352 D ARG 844 D ARG 844 D ASN 851 D ASN 851 D GLN 837 D GLN 837 D PRO 838 D PRO 838 E GLU 338 E GLU 338 E ILE 343 E ILE 343 E ILE 346 E ILE 346 E PRO 352 E PRO 352 E ARG 844 E ARG 844 E ASN 851 E ASN 851 E GLN 837 E GLN 837 E PRO 838 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