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283 N H N 284 N H N 285 N H N 286 N H N 287 N N N 288 S C N 289 N C N 290 N O N 291 N C N 292 N O N 293 N O N 294 N H N 295 N H N 296 N H N 297 N H N 298 N H N 299 N H N 300 N H N 301 N N N 302 S C N 303 N C N 304 N O N 305 R C N 306 N O N 307 N C N 308 N O N 309 N H N 310 N H N 311 N H N 312 N H N 313 N H N 314 N H N 315 N H N 316 N H N 317 N H N 318 N N N 319 S C N 320 N C N 321 N O N 322 N C Y 323 N C Y 324 N C Y 325 N C Y 326 N N Y 327 N C Y 328 N C Y 329 N C Y 330 N C Y 331 N C N 332 N O N 333 N H N 334 N H N 335 N H N 336 N H N 337 N H N 338 N H N 339 N H N 340 N H N 341 N H N 342 N H N 343 N H N 344 N H N 345 N N N 346 S C N 347 N C N 348 N O N 349 N C Y 350 N C Y 351 N C Y 352 N C Y 353 N C Y 354 N C Y 355 N C N 356 N O N 357 N O N 358 N H N 359 N H N 360 N H N 361 N H N 362 N H N 363 N H N 364 N H N 365 N H N 366 N H N 367 N H N 368 N H N 369 N N N 370 S C N 371 N C N 372 N O N 373 N C N 374 N C N 375 N C N 376 N O N 377 N H N 378 N H N 379 N H N 380 N H N 381 N H N 382 N H N 383 N H N 384 N H N 385 N H N 386 N H N 387 N H N 1 N sing N 2 N sing N 3 N sing N 4 N sing N 5 N sing N 6 N sing N 7 N doub N 8 N sing N 9 N sing N 10 N sing N 11 N sing N 12 N sing N 13 N sing N 14 N sing N 15 N sing N 16 N sing N 17 N sing N 18 N sing N 19 N doub N 20 N sing N 21 N sing N 22 N sing N 23 N sing N 24 N sing N 25 N sing N 26 N sing N 27 N sing N 28 N sing N 29 N sing N 30 N sing N 31 N sing N 32 N sing N 33 N doub N 34 N sing N 35 N sing N 36 N sing N 37 N sing N 38 N sing N 39 N sing N 40 N sing N 41 N sing N 42 N sing N 43 N sing N 44 N sing N 45 N doub N 46 N sing N 47 N sing N 48 N sing N 49 N sing N 50 N doub N 51 N sing N 52 N sing N 53 N sing N 54 N sing N 55 N sing N 56 N sing N 57 N sing N 58 N sing N 59 N sing N 60 N sing N 61 N doub N 62 N sing N 63 N sing N 64 N sing N 65 N sing N 66 N doub N 67 N sing N 68 N sing N 69 N sing N 70 N sing N 71 N sing N 72 N sing N 73 N sing N 74 N sing N 75 N sing N 76 N doub N 77 N sing N 78 N sing N 79 N sing N 80 N sing N 81 N sing N 82 N sing N 83 N sing N 84 N sing N 85 N sing N 86 N sing N 87 N sing N 88 N sing N 89 N doub N 90 N sing N 91 N sing N 92 N sing N 93 N sing N 94 N sing N 95 N sing N 96 N sing N 97 N doub N 98 N sing N 99 N sing N 100 N sing N 101 N sing N 102 N sing N 103 N sing N 104 N sing N 105 N sing N 106 N sing N 107 N sing N 108 N doub N 109 N sing N 110 N sing N 111 N sing N 112 N sing N 113 N sing N 114 N sing N 115 N sing N 116 N doub N 117 N sing N 118 N sing N 119 N sing N 120 N sing N 121 N sing N 122 N sing N 123 N sing N 124 N sing N 125 N sing N 126 N doub N 127 N sing N 128 N sing N 129 N sing N 130 N sing N 131 N sing N 132 N sing N 133 N sing N 134 N sing N 135 N doub N 136 N sing N 137 N sing N 138 N sing N 139 N sing Y 140 N sing Y 141 N doub Y 142 N doub N 143 N sing Y 144 N sing N 145 N sing Y 146 N sing N 147 N sing N 148 N sing N 149 N sing N 150 N sing N 151 N sing N 152 N sing N 153 N sing N 154 N sing N 155 N sing N 156 N doub N 157 N sing N 158 N sing N 159 N sing N 160 N sing N 161 N sing N 162 N sing N 163 N sing N 164 N sing N 165 N sing N 166 N sing N 167 N sing N 168 N sing N 169 N sing N 170 N sing N 171 N sing N 172 N sing N 173 N sing N 174 N sing N 175 N sing N 176 N sing N 177 N doub N 178 N sing N 179 N sing N 180 N sing N 181 N sing N 182 N sing N 183 N sing N 184 N sing N 185 N sing N 186 N sing N 187 N sing N 188 N sing N 189 N sing N 190 N sing N 191 N sing N 192 N sing N 193 N sing N 194 N sing N 195 N sing N 196 N sing N 197 N sing N 198 N doub N 199 N sing N 200 N sing N 201 N sing N 202 N sing N 203 N sing N 204 N sing N 205 N sing N 206 N sing N 207 N sing N 208 N sing N 209 N sing N 210 N sing N 211 N sing N 212 N sing N 213 N sing N 214 N sing N 215 N sing N 216 N sing N 217 N sing N 218 N sing N 219 N sing N 220 N sing N 221 N sing N 222 N doub N 223 N sing N 224 N sing N 225 N sing N 226 N sing N 227 N sing N 228 N sing N 229 N sing N 230 N sing N 231 N sing N 232 N sing N 233 N sing N 234 N sing N 235 N sing N 236 N sing N 237 N sing N 238 N sing N 239 N sing N 240 N sing N 241 N doub N 242 N sing N 243 N sing N 244 N sing N 245 N sing Y 246 N doub Y 247 N sing Y 248 N sing N 249 N sing Y 250 N doub N 251 N sing Y 252 N doub N 253 N sing Y 254 N sing N 255 N sing N 256 N sing N 257 N sing N 258 N sing N 259 N sing N 260 N sing N 261 N sing N 262 N sing N 263 N sing N 264 N doub N 265 N sing N 266 N sing N 267 N sing N 268 N sing N 269 N sing N 270 N sing N 271 N sing N 272 N sing N 273 N sing N 274 N sing N 275 N sing N 276 N sing N 277 N sing N 278 N sing N 279 N sing N 280 N sing N 281 N doub N 282 N sing N 283 N sing N 284 N sing N 285 N sing N 286 N sing N 287 N sing N 288 N sing N 289 N sing N 290 N sing N 291 N sing N 292 N sing N 293 N sing N 294 N doub N 295 N sing N 296 N sing N 297 N sing N 298 N sing N 299 N sing N 300 N sing N 301 N sing N 302 N sing N 303 N sing N 304 N sing N 305 N sing N 306 N sing N 307 N sing N 308 N sing N 309 N sing N 310 N doub N 311 N sing N 312 N sing N 313 N sing N 314 N sing Y 315 N doub Y 316 N sing Y 317 N sing N 318 N sing Y 319 N doub Y 320 N sing Y 321 N sing N 322 N sing Y 323 N sing Y 324 N doub N 325 N sing Y 326 N doub N 327 N sing Y 328 N sing N 329 N sing N 330 N sing N 331 N sing N 332 N sing N 333 N sing N 334 N sing N 335 N sing N 336 N sing N 337 N sing N 338 N doub N 339 N sing N 340 N sing N 341 N sing N 342 N sing Y 343 N doub Y 344 N sing Y 345 N sing N 346 N sing Y 347 N doub N 348 N sing Y 349 N doub N 350 N sing Y 351 N sing N 352 N sing N 353 N sing N 354 N sing N 355 N sing N 356 N sing N 357 N sing N 358 N sing N 359 N sing N 360 N sing N 361 N sing N 362 N doub N 363 N sing N 364 N sing N 365 N sing N 366 N sing N 367 N sing N 368 N sing N 369 N sing N 370 N sing N 371 N sing N 372 N sing N 373 N sing To Be Published 0353 De Novo computational design and purification of two-component transmembrane nanoparticles 0000-0002-7252-2508 10.2210/pdb11kc/pdb pdb_000011kc 163.2 OTHER REAL Cross-correlation coefficient Computationally designed model Other in silico model 11KC 42340 4.07 FSC 0.143 CUT-OFF POINT REL 2026-02-27 RCSB 2026-04-08 2026-04-08 Cryo-EM determined structure of designed nanoparticle O43-TM 8.0 1 PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION Designed two-component protein assembly with octahedral symmetry displaying a trans-membrane domain. 1, 2 two component de novo designed nanoparticle with trans-membrane domain O43-TM 0 RECOMBINANT COMPLEX NO MEGADALTONS 1.180 32630 synthetic construct 562 Escherichia coli PARTICLE 1 1 SINGLE PARTICLE 5 47.0 first dataset GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 1 6211 47.32 second dataset GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 6887 4092 5760 11KC 4092 5760 11KC 300 FIELD EMISSION GUN FLOOD BEAM TFS KRIOS BRIGHT FIELD 2.7 1800 800 1 COPPER 300 Quantifoil R2/2 11KC O PARTICLE SELECTION 1 cryoSPARC 4.4.1 IMAGE ACQUISITION 1 SerialEM MASKING CTF CORRECTION 1 cryoSPARC 4.4.1 LAYERLINE INDEXING DIFFRACTION INDEXING MODEL FITTING 1 UCSF ChimeraX OTHER INITIAL EULER ASSIGNMENT 1 cryoSPARC 4.4.1 FINAL EULER ASSIGNMENT 1 cryoSPARC 4.4.1 CLASSIFICATION 1 cryoSPARC 4.4.1 RECONSTRUCTION global refinement 1 cryoSPARC 4.4.1 RECONSTRUCTION local refinement 1 cryoSPARC 4.6.0 MODEL REFINEMENT 1 ISOLDE MODEL REFINEMENT 1 PHENIX MODEL REFINEMENT 1 Coot 0.3 Particles were imaged in two datasets. The first was heterogeneous and contamined both the designed nanoparticle assembly and a co-eluting contaminant protein. The second was almost completely pure with very little contaminant protein present. NO NO NO YES 295.15 ETHANE Wait time: 7.5 seconds Blot time: 0.5 seconds Blot force: 0 seconds 11KC 100 FEI VITROBOT MARK IV 25101.250 Designed nanoparticle O43-TM Transmembrane domain 24 man polymer 23244.084 Designed nanoparticle O43-B 24 man polymer no no SKDTEDSRKIWRTIMLLLVFAILLSAIIWYQITTNPDTSQIATLLSMQLLLIALMLVVIALLLSRQTEQVAESIRRDVSA LAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEK LGRLDEAADAYAEALRLDPDDTEAWKELGKVLEKLGMEEAAAMAKKAAKLLDPNDGSLEHHHHHH SKDTEDSRKIWRTIMLLLVFAILLSAIIWYQITTNPDTSQIATLLSMQLLLIALMLVVIALLLSRQTEQVAESIRRDVSA LAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEK LGRLDEAADAYAEALRLDPDDTEAWKELGKVLEKLGMEEAAAMAKKAAKLLDPNDGSLEHHHHHH A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X polypeptide(L) no no MEELFKKHKIVAVLRANSVEEAKEKAQAVFEGGVHLIEITFTVPDADTVIKELSKLKEKGAIIGAGTVTSVEQCRKAVES GAEFIVSPHLDEEISQFCKEKGVFYMPGVMTPTELVKAMKLGHTILKLFPGEVVGPQFVKAMKGPFPNVKFVPTGGVDLD NVCEWFKAGVLAVGVGEALVDGEPRAVKIAAIAFRAVIKGCGCTEGSLEHHHHHH MEELFKKHKIVAVLRANSVEEAKEKAQAVFEGGVHLIEITFTVPDADTVIKELSKLKEKGAIIGAGTVTSVEQCRKAVES GAEFIVSPHLDEEISQFCKEKGVFYMPGVMTPTELVKAMKLGHTILKLFPGEVVGPQFVKAMKGPFPNVKFVPTGGVDLD NVCEWFKAGVLAVGVGEALVDGEPRAVKIAAIAFRAVIKGCGCTEGSLEHHHHHH a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,s,t,u,v,w,x polypeptide(L) n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n n sample 1 225 32630 synthetic construct 562 Escherichia coli Biological sequence sample 1 215 32630 synthetic construct 562 Escherichia coli Biological sequence repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release repository Initial release 1 0 2026-04-08 1 0 2026-04-08 1 0 1 2026-04-08 1 0 2 2026-04-08 1 0 3 2026-04-08 1 0 4 2026-04-08 1 0 5 2026-04-08 1 0 6 2026-04-08 1 0 2026-04-08 1 0 1 2026-04-08 1 0 2 2026-04-08 1 0 2026-04-08 1 0 2026-04-08 United States Bill & Melinda Gates Foundation INV-043758 United States Bill & Melinda Gates Foundation INV-010680 neilking@uw.edu 0000-0002-2978-4692 Neil King P. principal investigator/group leader Cryo-EM determined structure of designed nanoparticle O43-TM N RCSB N RCSB 2026-02-27 REL Y Other in silico model c CYS 163 Disulfide bridge SG AA CYS 163 c CYS 201 SG AA CYS 201 1_555 1_555 None d CYS 163 Disulfide bridge SG BA CYS 163 d CYS 201 SG BA CYS 201 1_555 1_555 None e CYS 163 Disulfide bridge SG CA CYS 163 e CYS 201 SG CA CYS 201 1_555 1_555 None f CYS 163 Disulfide bridge SG DA CYS 163 f CYS 201 SG DA CYS 201 1_555 1_555 None g CYS 163 Disulfide bridge SG EA CYS 163 g CYS 201 SG EA CYS 201 1_555 1_555 None h CYS 163 Disulfide bridge SG FA CYS 163 h CYS 201 SG FA CYS 201 1_555 1_555 None i CYS 163 Disulfide bridge SG GA CYS 163 i CYS 201 SG GA CYS 201 1_555 1_555 None j CYS 163 Disulfide bridge SG HA CYS 163 j CYS 201 SG HA CYS 201 1_555 1_555 None k CYS 163 Disulfide bridge SG IA CYS 163 k CYS 201 SG IA CYS 201 1_555 1_555 None l CYS 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LEU 191 I CG LEU 192 1 Y 1 I CD1 LEU 191 I CD1 LEU 192 1 Y 1 I CD2 LEU 191 I CD2 LEU 192 1 Y 1 I CG GLU 192 I CG GLU 193 1 Y 1 I CD GLU 192 I CD GLU 193 1 Y 1 I OE1 GLU 192 I OE1 GLU 193 1 Y 1 I OE2 GLU 192 I OE2 GLU 193 1 Y 1 I CG LYS 193 I CG LYS 194 1 Y 1 I CD LYS 193 I CD LYS 194 1 Y 1 I CE LYS 193 I CE LYS 194 1 Y 1 I NZ LYS 193 I NZ LYS 194 1 Y 1 I CG GLU 197 I CG GLU 198 1 Y 1 I CD GLU 197 I CD GLU 198 1 Y 1 I OE1 GLU 197 I OE1 GLU 198 1 Y 1 I OE2 GLU 197 I OE2 GLU 198 1 Y 1 I CG GLU 198 I CG GLU 199 1 Y 1 I CD GLU 198 I CD GLU 199 1 Y 1 I OE1 GLU 198 I OE1 GLU 199 1 Y 1 I OE2 GLU 198 I OE2 GLU 199 1 Y 1 I CG MET 202 I CG MET 203 1 Y 1 I SD MET 202 I SD MET 203 1 Y 1 I CE MET 202 I CE MET 203 1 Y 1 I CG LYS 204 I CG LYS 205 1 Y 1 I CD LYS 204 I CD LYS 205 1 Y 1 I CE LYS 204 I CE LYS 205 1 Y 1 I NZ LYS 204 I NZ LYS 205 1 Y 1 I CG LYS 205 I CG LYS 206 1 Y 1 I CD LYS 205 I CD LYS 206 1 Y 1 I CE LYS 205 I CE LYS 206 1 Y 1 I NZ LYS 205 I NZ LYS 206 1 Y 1 I CG LYS 208 I CG LYS 209 1 Y 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